Vid världskrigets utbrott krävde bondeförbundet en samlingsregering och en sådan bildades i december 1939 efter Sovjets anfall på Finland. Alla de demokratiska partierna var med (dvs alla i riksdagen utom kommunisterna).

Bramstorp var jordbruksminister och K G Westman justitieminister. Efter Westmans sjukdom 1943 blev Axel Rubbestad konsultativt statsråd. Efter kriget blev det generationsskifte i flera av partierna. Per-Albin Hansson dog och ersattes av Tage Erlander. Bramstorp drabbades i valrörelsen 1948 av ett slaganfall och efterträddes av den relativt okände Gunnar Hedlund, juris doktor från Ångermanland och aktiv inom skogsägarrörelsen.

Inom partiet fanns under hela 40-talet en opposition mot det nära samarbetet med socialdemokraterna. Till denna mer borgerliga linje hörde Erik von Heland, som konkurrerade med Hedlund om att bli vice ordförande och efterträda Bramstorp.

Inom centerpartiet präglades debatten alltmer av frågor kring landsbygdens utveckling allmänt – inte bara jordbrukets problem.

Decentraliseringsbegreppet kom in i debatten, som dessutom handlade mycket
om rättvisa villkor mellan land och stad när det gällde ekonom (dyrortstilläggen, pensionerna), utbildning, kultur, kommunikationer mm.

Bondeförbundet vände sig allt mer till hela landsbygdsbefolkningen och bytte 1943 namn till Landsbygdspartiet Bondeförbundet. Medlemsantalet ökade kraftigt i partiet, men SLU hade redan slagit i taket – allt fler ungdomar flyttade till städerna, och man talade mycket om flykten från landsbygden.

Fyrklövern

Partiet antog 1942 fyrklövern som symbol. Den kom närmast från Finlands agrarparti, som i sin tur hämtat inspiration av det stora polska landsbygdspartiet PSL (som än idag har fyrklövern som symbol). Klövern har från tid till annan ändrat utförande, men hela tiden varit en fyrklöver.